conda换源教程

conda 为什么要换源？有两个原因，一是因为官方源对应的服务器位于国外，下载速度慢，或者根本访问不了，需要添加国内镜像源。二是因为就算添加了国内镜像源，已知的国内镜像源没有一个是绝对稳定的，都有崩溃不能访问的记录，此时需要切换为其他的国内镜像源。

jupyter识别kernel

jupyter 是借助 kernel 来运行程序的，在创建文件的时候，我们可以选择已经安装的kernel来运行文件。

如：r-irkernel 1.3.1、ipykernel 6.20.1。

jupyter 分为 jupyter notebook 和 jupyter lab，两者选其一配置即可。

jupyter 官网：https://jupyter.org/

无 root 权限安装软件的好处

• 不同用户可以使用不同的软件版本

• 软件可以随意安装和卸载，不会影响到其他用户

• 不需要 root 权限

ubuntu 有两种常用的系统 ubuntu desktop 和 ubuntu server。

ubuntu desktop 常用于个人电脑，是有图形化界面的，用户可以通过图形化界面与计算机交互。

ubuntu server 常用于服务器，是没有图形化界面的，用户通过终端与计算机交互。

PATH

我们运行 1 个命令，shell解释程序（以下用bash代替）首先需要知道命令对应的程序的位置，也就是程序文件对应的路径。

计算机如何找到命令对应的程序的位置呢？这是通过 PATH 这个系统变量来实现的。

使用 echo $PATH 可以查看 PATH 这个系统变量的值

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/home/txb/.local/bin:/home/txb/miniconda3/bin:/home/txb/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/usr/lib/wsl/lib:/

PATH 变量中使用使用 “:” 来分割路径，执行命令时，bash 会去每个路径对应的目录中去找可执行程序，如果找到1个名称匹配的可执行程序，就执行这个程序，不再继续往下找了。而如果找遍PATH中配置的所有目录也找不到名称匹配的可执行程序，就会报错 “command not found xxx”

1.安装conda

2.使用conda安装monocle2.18

小技巧，在安装monocle2.18之前需要先安装 r-base 4.0.5

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# 创建虚拟环境
conda create -n rpackage r-base==4.0.5 -y -vv
conda activate rpackage
conda install bioconductor-monocle==2.18.0 -y -vv

在Linux系统中安装多个R

在系统中使用 apt 安装的 R 是全局安装的，无法使用 apt 安装多个版本的 R。

使用apt安装好R后会在 /usr/bin 目录下回生成一个 R 的可执行文件。

如果想要在系统中安装多个版本的 R，推荐使用 conda 在不同的虚拟环境中安装不同的 R。在终端中可以通过激活虚拟环境来使用不同的虚拟环境中的R。在 rstudio-server 中可以通过修改 /etc/rstudio/rserver.conf 文件来指定使用的R。