conda使用教程

针对 ubuntu 20.04
ubuntu 20.04 是 “西柚云” 主要使用的操作系统 西柚云官网

参考教程：conda 的安装和卸载

虚拟环境管理

conda env list （列出虚拟环境信息）

conda create -n (创建虚拟环境)

# 命令示例
conda create -n py38 -y
conda create -n py39 python=3.9 -y  # 官方推荐使用这种方式
conda create -n py39_2 -y && conda install -n py39_2 python=3.9 -y

# 比较两种创建方式有何不同，并无任何不同
diff miniconda3/envs/py39 miniconda3/envs/py39_2

可以看到，在创建环境时指定 python 版本，和创建完环境后安装 python 的指定版本两者导致的结果并无不同，那为什么官方推荐在创建环境时使用 python=3.9 的方式指定 python
版本呢？ 这是因为如果您要在该虚拟环境中使用 python，就应该在创建环境之初下载 python3.9 ，之后在这个虚拟环境中下载的其他包都会匹配 python3.9的依赖与约束。如果安装了很多其他包之后再安装 python3.9，处理环境依赖就会变得较为复杂，甚至导致一些不易察觉的 bug。

conda activate (进入虚拟环境)

# 命令示例
conda activate py39

conda deactivate (退出虚拟环境)

# 命令示例
conda deactivate 

conda remove -n –all 删除虚拟环境

# 命令示例
conda create -n test -y
conda env list
# 删除 test 虚拟环境
conda remove -n test --all
conda env list

导出虚拟环境

# 适用于在相同操作系统版本下 clone 虚拟环境
conda list --explicit > spec-list.txt
# 适用于所有平台之间 clone 虚拟环境，这里的平台指的是操作系统，如win、centos、ubuntu
conda env export > environment.yml

根据导出的文件创建虚拟环境

# 代码示例
# 根据导出包创建 env_name1 的虚拟环境
conda create -n env_name1 --file spec-list.txt
conda env create --file environment.yml

channels 管理

列出 conda 中配置的 channels，根据优先级从低到高的顺序排列

conda config --get channels 

添加 channels，添加国内的 channels 也就是我们常说的添加国内源

选其一添加即可，添加太多反而会“打架”。

# 添加中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加清华大学源（偶尔抽风，此时需要更换为其他国内镜像源，更换国内镜像源的教程可以查看《conda安装教程》）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加阿里云源
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加北京外国语大学源
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --set show_channel_urls yes 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/


# 添加镜像源后清除一下本地软件搜索索引
conda clean -i

删除 channels

• 方法 1 （通过命令删除）：

  # 首先查看 channels
  conda config --get channels
  # 删除指定的 channels
  conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  conda config --remove channels defaults
  # 删除配置的所有镜像源
  conda config --remove-key channels

• 方法 2 （编辑 .condarc 文件删除想要删除 channels 对应的行）

  vi ~/.condarc

安装包时暂时添加 channels

使用 -c 指定的软件源处于最高优先级，这可能导致一个问题，如果你已经配置好国内镜像源，在下载对应源的软件时可以不指定软件源，它会自动从你配置好国内镜像源中下载。

conda install -c bioconda presto
# 如果配置了国内镜像源，就不用指定 channels 了，这样会使用国内镜像源下载，速度更快
conda install presto

换源:

上面几个国内镜像源没有一个是绝对稳定的，都有可能抽风，连接不上，这时可以切换为其他国内镜像源。下图是中科大镜像源不能访问时的报错，而且同一天阿里的镜像源也抽风了……这时可以切换为其他国内镜像源。

# 移除当前配置的所有镜像源
conda config --remove-key channels
# 重新添加镜像源，以北外的镜像源为例
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --set show_channel_urls yes 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/

包管理

使用 conda 安装包之前，需要在以下链接中搜索 conda 包，找到安装对应包的命令后再进行安装，如果不能在下面的链接中找到安装方法，即表明该包不能通过 conda 安装。
搜 conda 包

conda list （查看当前虚拟环境已经安装的包）

conda install (安装包)

# 命令示例
conda install --help
# -y: yes
conda install requests -y
# -c: 临时增加一个 channel ，并且增加的 channels 会处于最高优先级
## 如果配置了国内镜像源，就不要指定镜像源了，直接使用 conda install presto 安装
conda install -c bioconda presto
# -vv: 显示下载过程中的详细日志，方便定位问题
conda install numpy -y -vv
# 后台下载
nohup conda install pandas -y &

使用conda还是pip?

conda 官方建议，使用 conda 安装的 python包和使用 pip 安装的 python 包是有略微不同的，如果可能，尽量使用 conda 来安装包。参考链接

• 在 conda 4.6 以后，conda 可以识别 pip 安装的 python包，不过目前这一功能还处于实验阶段。
• 在 conda 中应该优先使用 conda 安装包，不要混用 conda 和 pip，可以创建一个虚拟环境专门用于 pip 管理 python 包
• conda 和 pip 都可以根据文件批量安装 python 包

  pip list --format=freeze > requirements.txt
  pip install -r requirements.txt
  conda install -n env_name --file requirements.txt

配置管理

conda config –show

# 查看 channels
conda config --help
conda config --get channels
conda config --remove <key> <value>
conda config --remove-key <key>

我们很难记住那么多配置项的作用，如果需要可以查阅 conda 官方教程对各配置项的详解。conda 配置项的作用