如何安装R包

适用于 ubuntu 20.04
ubuntu 20.04 是 “西柚云” 主要使用的操作系统 西柚云官网

步骤

CRAN 在国内下载速度很快，因为它在国内有很多镜像，因此一般不用额外为 R 设置额外的国内镜像了。

1.设置国内镜像源（可选）

• 使用 install 下载：https://cran.r-project.org/mirrors.html（镜像源列表）

  # 从 CRAN 镜像下载安装包 (通常不需要,因为 CRAN 的 R 包下载速度不慢)
  install.packages("devtools", repos = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
  
  # 配置镜像源
  local({r <- getOption("repos")
  r["CRAN"] <- "http://mirrors.aliyun.com/CRAN/"
  r["CRANextra"] <- "http://mirrors.aliyun.com/CRAN/"
  options(repos=r)})
  
  # 向 ~/.Rprofile 文件中写入配置镜像的代码可以永久配置镜像
  file.edit("~/.Rprofile")

• 使用 BiocManager 下载 https://www.bioconductor.org/about/mirrors/（镜像源列表）

  # 从 BiocManager 镜像安装 XVector
  options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
  BiocManager::install("XVector")
  
  # 向 ~/.Rprofile 文件中写入配置镜像的代码可以永久配置镜像
  file.edit("~/.Rprofile")

2.搜索 R 包，找到安装命令

• 在浏览器中搜索关键字：“xxx install” （推荐 google 搜索）
• CRAN https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html （能够在这里搜到的 R 包都能够通过 install.packages(“xxx”) 安装）
• Bioconductor https://www.bioconductor.org/help/search/index.html?/，（能够在这里搜到的 R 包都能通过 BiocManager::install(“xxx”) 的方式安装）
• GitHub https://github.com/ （通常在 github 仓库的 README.md 文件会提供安装方法）

3.安装 R 包

安装R包的不同工具

# R 包安装工具的下载方式, 养成好习惯，安装包时指定 lib，这样能把R包安装在指定的目录下
install.packages("devtools", lib = "/usr/local/lib/R/site-library")
install.packages("remotes", lib = "/usr/local/lib/R/site-library")
install.packages("BiocManager", lib = "/usr/local/lib/R/site-library")

从 CRAN 安装：

install.packages("stringr")

从 Bioconductor 安装：

BiocManager::install("XVector")

从 GitHub 在线安装：

推荐一个 GitHub 代理网站 https://ghproxy.com/, 感谢该网站站长为中国开源做出的贡献！

# 这里 R 包对应的 GitHub 链接是 https://github.com/tidyverse/stringr
devtools::install_github("tidyverse/stringr")
remotes::install_github("tidyverse/stringr")

# 使用 remotes 可以在安装时指定完整的 GitHub 链接，方便我们使用 GitHub 代理
remotes::install_git("https://github.com/tidyverse/stringr")

# 使用国内代理下载 R 包源码并安装
remotes::install_git("https://ghproxy.com/https://github.com/tidyverse/stringr")

从 GitHub 离线安装：

# 假设我们将安装好的 zip包命名为 main.zip
devtools::install_local("main.zip")
# 可以参考 https://ghproxy.com 使用 github 代理下载文件

zip 包需要从 GitHub 下载(如图):

从在线源码安装：

# 这里的 "https://cran.r-project.org/src/contrib/stringr_1.4.1.tar.gz" 就是源码的下载路径
install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/stringr_1.4.1.tar.gz", repos=NULL, type="source")

从离线源码安装：

# 将源码下载到本地，然后使用以下方式编译安装

install.packages('/tmp/stringr_1.4.1.tar.gz', repos=NULL, type="source")
# 下载方式示例：
wget "https://cran.r-project.org/src/contrib/stringr_1.4.1.tar.gz"

其实归根结底所有的 R 包都是通过源码安装的，不过是下载源码的渠道不一样。

卸载 R 包

# 命令示例，stringr 是包的名称
remove.packages("stringr", lib = "/usr/local/lib/R/site-library")