很多同学下载GEO数据库的数据和TCGA的数据网速特别的慢，或者总是中断，生信之路的第一个跟头就摔在了数据下载

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不知道大家听说没有，rstudio 现在已经改名为 posit 了，他们的团队还出了一个包管理工具：Posit Package Manager。

sftp服务默认不记录日志到文件中，不过你可以通过修改配置文件来让它将日志记录在文件中。修改配置文件需要 root 权限。

对于来源于CRAN的包，如果在安装时遇到编译失败的问题，可以尝试安装它的预编译版本。

在安装R包的过程中，你可能会遇到很多问题，这篇文章罗列了使用不同安装工具来安装R包的方式，或许当一条路走不通时，可以试试其他路子~:closed_lock_with_key:

介绍

官网介绍：https://rstudio.github.io/renv/

renv 能够帮助我们创建一个私有包仓库，你也可以认为它是为 R 创建一个私有的 libpath。在这个 libpath 下安装的 R 包不受其他 libpath 的影响，在项目中使用 R 包也并不会受到其他 libpath 的干扰。

libssl.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

这个动态链接库已经过时了，使用 conda 安装 openssl，然后给对应的动态链接库创建一个软链接即可。

base 环境的动态链接库通常保存在 ~/miniconda3/lib目录，其他虚拟环境的动态链接库通常保存在~/miniconda3/envs/xxx/lib目录中。

conda install openssl

# 以虚拟环境为 xxx 为例
cd ~/miniconda3/envs/xxx/lib
ln -s libssl.so libssl.so.1.0.0

# 然后重新执行软件

解决这个问题的原理是新版的 libssl.so 可能兼容旧版，所以给它创建一个别名使用。当然，如果不兼容，或许更好的方式是更新依赖旧的动态链接库的软件。

libEGL.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

apt-get install libegl-dev

configure: error: gsl-config not found, is GSL installed?

apt-get install libgsl-dev

GLPK is not available, Unimplemented function call

sudo apt-get install -y libglpk-dev

# 然后重装 igraph
install.packages("igraph", force = TRUE)

报错场景：

library("igraph")
g <- make_graph("Zachary")
oc <- cluster_optimal(g)

# 报错信息
Error in cluster_optimal(g) : 
  At optimal_modularity.c:85 : GLPK is not available, Unimplemented function call

rstudio 官方提供了使用不同 R 版本的 rstudio 镜像，使用 docker 来运行它们就可以在容器中使用不同的 R 版本了。

rstudio docker 官方镜像地址：https://hub.docker.com/r/rocker/rstudio/tags

在安装 R 包 units 时使用正常的安装方式安装不上时，可以参考这篇文章指定一下依赖软件的位置进行安装。

# 一般安装方式
install.packages("units")

在安装 stringi 时出现报错时，可以参考一下这篇文章。